系统科学研究所于2001年组建成立，经过十余年的发展，业已形成一个以教育部创新团队为基础，由长江学者和杰青领衔，优青、新世纪人才和全国优博为骨干，结构合理的高层次科研团队。目前共有教师14人，其中教授5人，副教授和高级工程师7人，讲师2人，所有教师均具有博士学位。

系统科学研究所牵头负责系统科学一级学科的规划与建设（该学科在三次全国一级学科评估均排名第一），参与交通运输工程和控制科学与工程学科的建设及研究生培养。2006年培养出我校首位全国优秀博士学位论文获得者，2010年再次培养出一名全国优秀博士学位论文获得者，还培养出两位全国优秀博士学位论文提名奖获得者。近年来为国家和省部级交通部门、高等院校、科研院所以及相关行业培养了一批高层次专业人才。

系统科学研究所主要从事道路交通流理论、路网交通流理论、交通网络复杂性分析、轨道交通基础理论与方法等方向的研究工作。建所以来，先后主持承担了交通领域第一个国家973计划项目（首席科学家）、国家杰出青年科学基金项目、优秀青年科学基金项目、国家自然科学基金重点、面上及青年项目等国家级和省部级项目40余项；发表学术论文400余篇，其中300余篇为SCI检索论文。获国家自然科学奖二等奖1项（第一完成人）、教育部自然科学奖一等奖2项和科技进步奖一等奖1项、钱学森城市学金奖1项、其他省部级奖励5项。